Основанию музея послужила деятельность известного учёного, провизора, ботаника, члена Восточно - Сибирского отдела Красноярского подотдела Императорского Русского географического общества – Николая Михайловича Мартьянова (1844 - 1900), основателя Сибирской музейной школы.

По примеру Минусинского музея в XIX веке создавались музеи в Енисейске, Ачинске, Красноярске, Якутске, Нерчинске и других городах.

Сегодня основной музейный фонд насчитывает более 203 тысяч предметов, относящихся к историко-культурному наследию народов, населяющих территорию Верхнего и Среднего Енисея (юг Красноярского края, Республики Хакасия и Тыва).

Минусинский музей является научным центром на юге Сибири, который продолжает научные традиции, заложенные его основателем, Н. М. Мартьяновым в деле по научной популяризации историко-культурного наследия Южной Сибири.

Наиболее значительные и уникальные коллекции в собрании музея: этнографическая, археологическая, естественно-историческая, нумизматика, имеются материалы, отражающие связь основателя музея Н. М. Мартьянова с Русским географическим обществом за период 1879-1900 гг. Музей хранит большое собрание фотографий и негативов на стекле по этнографии хакасского и тувинского народов, по шаманизму и буддизму, датированные кон. XIX - нач. XX вв.

Уникальным является и фонд научной библиотеки Минусинского музея, насчитывающий более 138 тыс. изданий (год основания 1878 г.).

Коллекции музея были представлены и отмечены наградами на российских и зарубежных выставках: 

• Сибирско-Уральской выставке в Екатеринбурге (1887, диплом и малая серебряная медаль);
• Всероссийской промышленной выставке в Нижнем Новгороде (1896, диплом 1 разряда);
• Всемирной выставке в Париже (1900, диплом победителя и серебряная медаль).

Музей им. Н. М. Мартьянова удостоен звания «Лучший музей Красноярского края» и не только.

На базе музея проходят международные научные конференции.

С 1990 года Минусинский музей проводит традиционные Мартьяновские краеведческие чтения, которые объединяют учёных и краеведов России и зарубежных стран, Китая, Монголии, Казахстана, Киргизии и Белоруси.

Отделы музея:

• Мемориальный музей «Дом-квартира Г. М. Кржижановского и В. В. Старкова», г. Минусинск;
• Музей декабристов;
• Картинная галерея