Постановлением Правительства Российской Федерации от 24.01.1993 на территории Убсунурской котловины был создан государственный природный заповедник общей площадью 39 640 га с пятью отдельными кластерами – Цугээр-Элс, Ямаалыг, Улар, Монгун-Тайга и Арысканныг.
По сути, Убсунурская котловина – это трансграничная заповедная территория. На территории Монголии в 1994 г. был создан заповедник “Убсунурский бассейн”, также имеющий несколько кластерных участков.
История создания одного из самых уникальных заповедников России началась с создания Убсунурского международного центра биосферных исследований под эгидой Сибирского отделения Российской Академии наук и правительства Республики Тыва. Тогда же между Россией (Республикой Тыва) и Монголией было принято общее решение об образовании международного заповедника кластерного типа в бассейне озера Убсу-Нур. Фундаментом научного изучения ландшафтов котловины послужили исследования, которые были начаты в 1984 году советско-монгольским “Экспериментом Убсу-Нур”, в работах которого принимали участие десятки ученых из научно-исследовательских институтов и вузов СССР, Монголии и других стран. Научным руководителем углубленных экологических исследований в Убсунурской котловине является профессор В.В. Бугровский, который привлек к ним значительные научные силы и внимание ряда крупнейших ученых.
В 1997 г. заповедник “Убсунурская котловина” включен в сеть мировых биосферных резерватов и решением Координационного Бюро ЮНЕСКО ему присвоен статус биосферного.
Постановлением Правительства РФ от 21.04.2000 года принято решение о расширении территории заповедника и выделении еще четырех кластерных участков площадью 283 558,4 га. В природном отношении новые участки, как и вся котловина, отличаются исключительным разнообразием и богатством. Здесь представлены экосистемы заболоченных лугов и болот, степей и пустынь, горных лесов и вечных снегов.
В 2003 году территории российского и монгольского заповедников включены в Список объектов всемирного природного наследия под единой номинацией «Бассейн озера Убсу-Нуур».
В 2011 году российский и монгольский заповедники объединены в «Трансграничный резерват «Убсунурская котловина».
В 2021 году после многолетней кропотливой работы трансграничному резервату был присвоен статус биосферного.
Первым директором заповедника стал Додук Андриян Дугарович, он руководил заповедником 13 лет. В годы его руководства произошли самые значимые события в истории заповедника: расширение территорий, получение статуса биосферного резервата и включение в список Объектов всемирного наследия.
В 2006 году директором заповедника был назначен Канзай Владислав Иванович. Под его руководством заповедник получил мощное развитие, установились крепкие связи с международными природоохранными организациями, укрепилось трансграничное сотрудничество. Усиление работ по охране редких видов, межведомственного оперативного взаимодействия, разработка и ведение пилотных проектов по мониторингу краснокнижных видов, экосистем, экологическому просвещению и туризму на ООПТ.
Была продолжена работа по дальнейшему признанию заповедника мировым сообществом – подготовлены документы для получения статуса международного биосферного резервата «Убсунурская котловина», который был присвоен в 2021 году.
С 2019 года заповедник возглавил Диинмей Каадыр-оолович Балбан-оол. В день юбилея заповедника Диинмей Каадыр-оолович написал: «За 30 лет заповедник прошел достаточно интенсивный путь развития. Начав с меньшего, сегодня заповедник имеет 9 кластерных участков на территории 7 кожуунов республики. В этот день мы с чувством огромной благодарности вспоминаем ветеранов, стоявших у истоков. В первую очередь, это доктора наук Бугровский Виктор Викторович и Курбатская Светлана Суруновна. Благодаря им и многим другим ученым, сегодня существует и развивается наш заповедник. Активно охраняется, изучается флора и фауна заповедника, в том числе такие редкие и исчезающие виды как снежный барс, аргали, северный олень, дрофа-красотка. Заповедник также сотрудничает со многими природоохранными организациями в России и за рубежом, с Русским географическим обществом. Проводились совместные экспедиции заповедника и РГО. В юбилейный год запланировано проведение многих интересных мероприятий. Накануне юбилея провели соревнования по волейболу среди команд природоохранных организаций республики с целью укрепления и расширения сотрудничества между ними. Чемпионом соревнований стала команда ГКУ «Тандынское лесничество», второе место за командой ГКУ «Тес-Хемское лесничество», а третье место досталось команде заповедника «Убсунурская котловина». Хочу пожелать дружному коллективу заповедника новых научных открытий, интересной, насыщенной и плодотворной работы в деле сохранения природы». Мы, ТувРО РГО также присоединяемся к поздравлениям и желаем всем сотрудникам заповедника крепкого здоровья, благополучия, дальнейших профессиональных успехов в деле охраны, изучения и сохранения природных комплексов заповедника!