Ежегодно 11 января отмечается Всероссийский день заповедников и национальных парков. В Республике Башкортостан созданы 3 заповедника и 1 национальный парк.
Самый первый - Башкирский государственный заповедник. Первые упоминания о природе Башкирского заповедника и близлежащих территорий были сделаны во времена, когда местные жители были промысловиками, а никакая хозяйственная деятельность, разрушающая природу, не проводилась. Сделаны эти записи были путешественниками-натуралистами И.И. Лепехиным и П.И. Рычковым в 70-е годы XIX века. В конце 1920-х годов под руководством известного учёного Сергея Ивановича Руденко Башкирская экспедиция Академии наук СССР определила границы и задачи будущего заповедника и направила собранный материал в Башсовнарком. В 1930 году с целью сохранения и изучения уникальных объектов горно-лесной, Европейской и Азиатской флоры и фауны, типичных и уникальных экологических систем и был создан Башкирский государственный заповедник.
В 1958 году был создан Прибельский филиал Башкирского заповедника, а 16 января 1986 года стал самостоятельным природный заповедник «Шульган-Таш». Основанием для организации заповедника было обитание в этом регионе ядра чистокровной аборигенной популяции медоносной пчелы — бурзянской бортевой пчелы, или «бурзянки» — в условиях бортничества — башкирского народного промысла. Филиал оказался первой в мире зоной, охраняющей аборигенных диких пчёл. Природный заповедник «Шульган-Таш» входит в состав комплексного биосферного резервата Башкирский Урал, который является кандидатом на включение в список объектов Всемирного наследия ЮНЕСКО.
В 1978 году с целью сохранения уникальных животных, горно-таежных елово-пихтовых лесов, высокогорных растительных сообществ и болот был создан Южно-Уральский государственный заповедник. Более 90% территории заповедника находится в пределах Белорецкого района Башкирии. Общая площадь заповедника 256.4 тыс.га. Это самый большой по площади заповедник Башкортостана и всего Южного Урала. Расположенные на территории заповедника хребты и горный массив Ямантау образуют наивысшую точку Южного Урала – 1639 метров над уровнем моря.
Национальный парк «Башкирия» основан в 1986 году как государственное природоохранное, эколого-просветительское и научно-исследовательское учреждение. Общая площадь парка составляет более 82 тысяч гектар, включая акваторию Нугушского водохранилища. В состав национального парка входят юго-западные отроги древних Уральских гор, хребты Ямантау, Кибиз, Утямыш, Баш-Алатау. Национальный парк «Башкирия» находится он между реками Агидель и Нугуш. На территории расположения национального парка при раскопках в связи с проектированием Иштугановского и со строительством Нугушского и Юмагузинского водохранилищ были найдены стоянки периода каменного века. В зоне затопления Юмагузинского водохранилища было выявлено 19 археологических памятников каменного, бронзового и раннего железного века, кроме того, из 20 осмотренных пещер в десяти обнаружены следы пребывания древнего человека, из них к уникальным были отнесены восемь стоянок каменного века, содержащих слои эпохи мезолита, неолита и энеолита и датируемых возрастом от 15 до 4 тысяч лет до н. э.
Заповедники и национальный парк Республик Башкортостан сочетают в себе всю уникальность, неповторимость и таинственность старейших в мире Уральских гор.