Научно-трудовая деятельность Евгения Федоровича связана с Крымом, крымскими геологами, учеными географического факультета ТНУ. В тесном сотрудничестве с крымскими учеными в разные годы проводились работы по изучению рудообразования и связи с нефтегазоносностью грязевого вулканизма Керченского полуострова, железо-марганцевых месторождений и золотоносности Керченского полуострова. Последние десятилетия главным направлением совместной научной деятельности Евгения Федоровича было изучение геологического и геоморфологического строения дна Черного и Азовского морей, исследование газовых факелов и грязевых вулканов Черного моря. Совместно с учеными географического факультета ТНУ под редакцией академика Шнюкова Евгения Федоровича издана «Карта рельефа дна Черного и Азовского морей» масштаба 1:1 250 000 с указанием полей газовых факелов и грязевых вулканов.
Под руководством Евгения Федоровича Шнюкова в рамках СЭВ проводились научные исследования дна морей и океанов на судах «Михаил Ломоносов», «Геохимик», «Академик Вернадский», «Профессор Колесников», «Киев», «Профессор Водяницкий».
Широкая известность и высокий научный авторитет позволили Шнюкову Евгению Федоровичу принимать участие в работе сессии Комитета ООН по мирному использованию дна морей и океанов, проводить школы-семинары по морской геологии по линии ЮНЕСКО.
Научные интересы Евгения Федоровича многогранны. Он является автором более 550 научных и научно-популярных работ. Евгений Федорович неоднократно проводил встречи со студентами географического факультета Симферопольского государственного университета, передавая им свою энергию и энтузиазм.
Светлая память академику Шнюкову Евгению Федоровичу- ученому, с именем которого связана важная эпоха геологических исследовании и открытий.